No conozco la forma, sería MUY COMODO e  interesante poder cambiar esto.

A espera de una respuesta mejor, te propongo dos alternativas, que puede que ya conozcas:

1 –  desactivar los addins que no vayas a utilizar,  moviéndolos desde la carpeta

https://knowledge.autodesk.com/support/revit-products/learn-explore/caas/sfdcarticles/sfdcarticles/How-to-Disable-Add-Ins-for-Revit-Products.html

2 – En opciones interfaz de usuario , puedes desactivar algunas pestañas (solo las nativas:  arquitectura, estructura, acero, sistemas, masas, analizar) esto me parece mas cómodo y no necesitas reiniciar.

Creo que no se puede,   las addins que vienen con sus propios menús se ubican uno tras otro de manera secuencial,  podrías usar la  alternativa 1 que te dio Alejandro, ya que es ciertamente  es algo rápido de hacer, aislar los archivos de las addins que no uses así no aparecen,  ahora que si son addins que vienen con instalador de actualización, lo único seria desinstalarlos, esto si seria un poco incomodo ya que tendrías que desinstalar y luego instalarlos.

Otra opción seria, si tuvieses el caso que usas un botón especifico de todo un menú de un addin, puedes acercarte al botón darle clic derecho y le das a “Añadir a barra de herramientas de acceso rápido” te aparecerá en la parte superior con los botones de acceso rápido.

Hola de nuevo. DiRoots acaba de sacar una aplicación gratuita, DiRoots App Manager, que permite encender/apagar los plugins que tenemos instalados en Revit. Los cambios se aplican al cerrar Revit y volver a iniciarlo. También sirve para actualizar los propios plugins de DiRoots.

Seguimos sin poder reordenar los menús, pero nos permite iniciar Revit de forma más limpia, sin tener que desinstalar los plugins, y activarlos cuando los necesitemos.

DiRoots App Manager | Install/Update Apps & enable/disable Revit addins